זיהוי כיישוב קדום
הכפר פקיעין ממוקם בעמק רחב, שופע מעיינות ובעל אקלים נוח מאד- תכונות שהפכו אותו למקום התיישבות מועדף בכל התקופות. כבר בתקופה הקלקוליתית המאוחרת ובתחילת תקופת הברונזה אנו מוצאים יישוב על שטח של כ 90 דונם בעמק. כמו כן נמצאה מערת קבורה ליד יישוב זה המתוארכת גם היא לאותה התקופה. ממצאים ארכיאולוגיים קיימים בכפר גם מן התקופות הרומית, הביזאנטית וימי הביניים.
קיים ויכוח היסטוריוגרפי נרחב אודות קדמוניותו של היישוב היהודי בפקיעין. הגרסה הרווחת מזהה את היישוב פקיעין עם היישוב תקוע המוזכר בתלמוד הבבלי כמקום מושבו של רבי שמעון בר יוחאי. ב"קהלת רבה" אשר חוברה בסוף התקופה הביזאנטית אנו מוצאים שרבי שמעון בר יוחאי הסתתר במערה שבפקע שלוש עשרה שנים. רוב החוקרים מזהים את פקע ככפר הערבי אל בוקיעה. החלפת ה"פ" הדגושה ב"ב" דגושה הינה תופעה מוכרת במעבר שמות מעברית לערבית.
בספר מסעותיו של רבי משה באסולה משנת 1522 מספר המחבר "ובט"ו באייר שקורים לו פסח שני, עשו שם במירון השיירה הגדולה, היו שם יותר מאלף נפשות, כי באו רבים מדמשק עם נשיהם וטפם , ורוב קהל צפת, וכל קהל לבוקע, הוא כפר שיש בו המערה שנטמן בה רבי שמעון בר יוחאי ובנו י"ג שנה… ועדיין המעיין שם; אפס האילן של חרובים איננו…". בוקיעא נזכרת שוב מספר שנים מאוחר יותר בתשובת המבי"ט, רבי משה מיטראני, מראשי רבני צפת במאה ה 16, משנת 1534. מתשובתו עולה כי בבוקיעא הייתה קיימת קהילה יהודית וכי המקום נמצא קרוב לעין טיריא (מעיין הממוקם בסמוך לפקיעין החדשה). ידיעות אלו אודות יהודים בכפר בוקיעא עולות בקנה אחד עם רשימות המיסים העות'מאניות המציינות 33 בעלי בתים יהודים בכפר בין השנים 1525- 1526 ובשנת 1573 עלה מספר בעלי הבתים היהודים עד 44- 45.
כל המבקר היום בפקיעין ונפגש עם מרגלית זינאתי, מאחרוני יהודי פקיעין אשר עודנה מתגוררת בכפר, ישמע ממנה כי אבותיה מעולם לא הלכו בגלות. אמנם אין לראות במסורות הנמסרות על פה עובדות היסטוריות, אך מנגד לא קיימת סתירה בין המסורת למידע ההיסטורי המעט הקיים. בספרו של א.מ לונץ, "לוח ארץ ישראל לשנת תר"ס" אשר יצא בשנת 1899, מביא לונץ מפקד מפורט של יהודי פקיעין ובמסגרתו מציין שלוש משפחות: זינאתי, תומא ועודה. "שלוש המשפחות… הנן קדומות (כולם כוהנים)…". ואכן שלוש משפחות אלו מייחסות עצמן לרבי יוסי דמן פקיעין המוזכר בזוהר ואשר היה כהן בעצמו. דווקא לאור מיעוט המידע הקיים לא ניתן לשלול באופן ודאי את מסורתם. אין מדובר כאן בציבור גדול אשר לא יתכן שלא הוזכר במעט המקורות הקיימים כי אם במספר קטן ביותר של אנשים שבהחלט יתכן שלא צויין כעדה נפרדת. יתכן שבמרוצת ההיסטוריה עזבו משפחות אלו את פקיעין למשך תקופה מסוימת בעקבות אירועים כאלה ואחרים ובהמשך חזרו אליה.
בתים בבעלות יהודית בפקיעין
כפי שניתן לראות מהסרטוטים של הרכוש היהודי בפקיעין קיימים נכסים רבים בבעלות יהודית ברחבי הרובע העתיק בכפר, כאשר רובו מתרכז סביב בית הכנסת. חלק מהרכוש נמצא בבעלות פרטית וחלקו נמצא בבעלות מוסדות ציוניים (קרן קיימת לישראל, הסוכנות היהודית) ועמותות פרטיות. באזכורים שונים במשך ההיסטוריה של הקהילה היהודית בכפר מצויינת מידי פעם כמות הנכסים הנמצאים ברשות היהודים. אחד הרישומים המפורטים ביותר הוא של יחיאל מיכל פינס, פעיל ציוני מרכזי בסוף המאה ה 19 בארץ ישראל, אשר מונה בשנת 1886 עשרים ואחת בתים בבעלות יהודית (בנוסף לעוד מספר בתים בהם התגוררו משפחות יהודיות בשכירות). מובן שמספר זה הוא לאחר תקופה ארוכה של התמעטות תושביו היהודיים של הכפר (כפי שראינו, לדוגמה, בגזלת בתיהם של הקהילה האשכנזית במהלך מגפת הדבר בשנת 1786). במחצית הראשונה של המאה ה 20 ואף לאחר קום המדינה המשיכה מגמה זו. בתחילת שנות ה 50' עוד מכרה הקרן הקיימת לישראל בתי יהודים בכפר על מנת לרכוש אדמות להקמת היישוב 'פקיעין החדשה'. הרכוש היהודי בכפר עמד על מבנים בודדים בלבד.
מצבם הפיזי של המבנים משתנה ממבנים המשמשים עד היום למגורים או לפעילות אחרת ובעקבות כך נשמרו היטב ועד מבנים אשר נמצאים בשלבי הרס שונים. מתוך ראיה כוללת של תפיסת שימור היישוב היהודי בפקיעין נשאלת השאלה האם קיימת חשיבות לשימור מבנה מסויים, או שאולי יש לשמר מספר מבנים כלשהו על מנת להוות כלי להכיל תוכן. אין שום הבדל בין בתי העדות השונות החיים בכפר, כיוון שכולם נבנו מאבן ובוץ ואת כולם היו צריכים פעם בשנה לצפות מחדש על מנת למנוע קריסתם.
בית משפחת זינאתי
בית משפחת זינאתי. מעשה השימור המשמעותי ביותר אשר נעשה עד כה בהקשר היישוב היהודי בפקיעין מגיע דווקא מכיוון שימור המורשת הרוחנית ולא הבנויה והפיזית. הסופרת רבקה אלפר התגוררה מעל שנה בכפר פקיעין אצל משפחת זינאתי והוציאה מתחת ידה ספר מרתק המתאר את סיפור הקהילה היהודית בפקיעין. את שגרת חייה, מנהגיה ואת ייחודה התרבותי. הספר בנוי סביב משפחת זינאתי ומתרחש בין השאר בביתם. החיבור בין תיאורי הספר לבין המבנה האותנטי בו התרחשו האירועים המסופרים בו חשוב עד מאד לשימור הכולל של מורשת יהודי פקיעין ולכן שימורו הפיזי של מבנה זה חשוב מאד. כיום משמש המבנה כאולם בו מוקרן סרט אודות היישוב היהודי בכפר וכן עולה בו מופע בשם "פיסות של פקיעין" העוסק בחייה של מרגלית זינאתי, כנצר לשושלת הכהנים הפקיעיניים וכשומרת הגחלת היהודית בכפר.
בית רחל ינאית
רחל ינאית, אשת יצחק בן צבי, סייעה ברכישת שני מבנים בכפר – האחד מול בית הכנסת והשני בצמוד לבית הספר. המבנה אשר נמצא מול בית הכנסת הוא המכונה 'בית רחל ינאית' ומן הראוי לשמרו ולו רק מתוך כבוד לאותו זוג מופלא אשר ראה בשימור היישוב היהודי בפקיעין מטרה נעלה עבורה פעל במשך שנים כה רבות.