קהילת ספרד
קהילה ספרדית התיישבה בכפר, ככל הנראה, עם הגעת יהודים ממגורשי ספרד לארץ. בשאלה אשר הופנתה למבי"ט בשנת 1534 מוזכרת הקהילה היהודית בפקיעין תוך התייחסות לשתי קבוצות: "בני כפר בוקיעא" ו"הספרדים". ניתן להבין מהבחנה זו כי היו שתי קהילות יהודיות נפרדות בכפר: אחת בני המקום, ככל הנראה מוסתערבים, והשנייה ספרדים ממגורשי ספרד. נראה שקהילה ספרדית זו המשיכה להתקיים מאז בכפר ובשלב כלשהו התאחדה יחד עם קהילת המוסתערבים, כך שבסוף המאה ה-19, כאשר מבקרים שונים מונים את בני הקהילה, רק חלקם טוענים לכתר בני המקום מזמן חורבן הבית.